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| 2 | //                 SeqAn - The Library for Sequence Analysis 
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| 27 | // LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY 
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| 28 | // OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH 
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| 29 | // DAMAGE. 
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| 30 | // 
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| 31 | // ========================================================================== 
 | 
| 32 | // Author: David Weese <david.weese@fu-berlin.de> 
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| 33 | // ========================================================================== 
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| 34 | 
 | 
| 35 | #ifndef SEQAN_HEADER_SHAPE_PREDEFINED_H 
 | 
| 36 | #define SEQAN_HEADER_SHAPE_PREDEFINED_H 
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| 37 | 
 | 
| 38 | //SEQAN_NO_GENERATED_FORWARDS: no forwards are generated for this file 
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| 39 | 
 | 
| 40 | namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN 
 | 
| 41 | { 
 | 
| 42 | 
 | 
| 43 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 
 | 
| 44 | // some predefined gapped shapes 
 | 
| 45 | 
 | 
| 46 | 
 | 
| 47 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 
 | 
| 48 | // Single seed of 
 | 
| 49 | // B.Ma and J.Tromp and M.Li, 
 | 
| 50 | // "PatternHunter: faster and more sensitive homology search" 
 | 
| 51 | // Bioinformatics 18, 2002 
 | 
| 52 | // 
 | 
| 53 | // weight:11 
 | 
| 54 | // length:18 
 | 
| 55 | // 
 | 
| 56 | // shape: 
 | 
| 57 | // 111010010100110111 
 | 
| 58 | 
 | 
| 59 | typedef GappedShape< 
 | 
| 60 | HardwiredShape< 1, 1, 2, 3, 2, 3, 1, 2, 1, 1 > 
 | 
| 61 | > ShapePatternHunter; 
 | 
| 62 | 
 | 
| 63 | 
 | 
| 64 | 
 | 
| 65 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 
 | 
| 66 | // Multiple seeds of 
 | 
| 67 | // L.Ilie and S.Ilie, "Fast Computation of Good Multiple Spaced Seeds" 
 | 
| 68 | // WABI, 2007 
 | 
| 69 | // 
 | 
| 70 | // weight:9 
 | 
| 71 | // length:15 
 | 
| 72 | // 
 | 
| 73 | // shapes: 
 | 
| 74 | // 111010100100111 
 | 
| 75 | // 110100110011101 
 | 
| 76 | // 111010001011011 
 | 
| 77 | // 
 | 
| 78 | // sensitivity: 
 | 
| 79 | // 65% 0.747975        70% 0.897741 
 | 
| 80 | // 75% 0.973134        80% 0.996226 
 | 
| 81 | 
 | 
| 82 | typedef GappedShape< 
 | 
| 83 | HardwiredShape< 1, 1, 2, 2, 3, 3, 1, 1 > 
 | 
| 84 | > ShapeIlieA1; 
 | 
| 85 | 
 | 
| 86 | typedef GappedShape< 
 | 
| 87 | HardwiredShape< 1, 2, 3, 1, 3, 1, 1, 2 > 
 | 
| 88 | > ShapeIlieA2; 
 | 
| 89 | 
 | 
| 90 | typedef GappedShape< 
 | 
| 91 | HardwiredShape< 1, 1, 2, 4, 2, 1, 2, 1 > 
 | 
| 92 | > ShapeIlieA3; 
 | 
| 93 | 
 | 
| 94 | 
 | 
| 95 | 
 | 
| 96 | ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 
 | 
| 97 | // Multiple seeds of 
 | 
| 98 | // L.Ilie and S.Ilie, "Fast Computation of Good Multiple Spaced Seeds" 
 | 
| 99 | // WABI 2007 
 | 
| 100 | // 
 | 
| 101 | // weight:9 
 | 
| 102 | // length:13..23 
 | 
| 103 | // 
 | 
| 104 | // shapes: 
 | 
| 105 | // 1110110100111 
 | 
| 106 | // 11010000110010111 
 | 
| 107 | // 11100010010000101011 
 | 
| 108 | // 
 | 
| 109 | // sensitivity: 
 | 
| 110 | // 65% 0.767413        70% 0.910949 
 | 
| 111 | // 75% 0.978558        80% 0.997357 
 | 
| 112 | 
 | 
| 113 | typedef GappedShape< 
 | 
| 114 | HardwiredShape< 1, 1, 2, 1, 2, 3, 1, 1 > 
 | 
| 115 | > ShapeIlieB1; 
 | 
| 116 | 
 | 
| 117 | typedef GappedShape< 
 | 
| 118 | HardwiredShape< 1, 2, 5, 1, 3, 2, 1, 1 > 
 | 
| 119 | > ShapeIlieB2; 
 | 
| 120 | 
 | 
| 121 | typedef GappedShape< 
 | 
| 122 | HardwiredShape< 1, 1, 4, 3, 5, 2, 2, 1 > 
 | 
| 123 | > ShapeIlieB3; 
 | 
| 124 | 
 | 
| 125 | 
 | 
| 126 | }    // namespace seqan 
 | 
| 127 | 
 | 
| 128 | #endif 
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